Faili salvestamisel kõvakettale võib arvuti jagada selle osadeks ehk fragmentideks, et paremini kettaruumi ära kasutada. Teiselt poolt jäävad kettale tühjad "augud" sinna, kust mõni fail on ära kustutatud. Defragmentimisel kogutakse iga faili fragmendid kokku ja tehakse kogu kettal failide paigutus ümber, nii et terviklikud failid on paigutatud tihedalt üksteise järele, mis edaspidi vähendab andmepöördusaega. MÕned opsüsteemid teevad teatud aja tagant automaatselt defragmentimist, teiste puhul peab kasutaja selleks aeg-ajalt käivitama spetsiaalse utiliidi (näit. Windows XP puhul on selleks Disk Defragmenter)