Spektraalleke tuleneb FFT algoritmis sisalduvast eeldusest, et ajakirje kordub alati täpselt ühesugusena ja et kõik selles ajakirjes sisalduvad signaalid on perioodilised ajakirjele vastavate intervallidega. Mittetäisarvuline signaali perioodide arv ajakirjes rikub aga seda tingimust ja põhjustab spektraalleket. Täisarvuline perioodide arv on garanteeritud ainult kahel juhul:
- sünkroondiskreetimine sisendtooni suhtes
- sellise üleminekusignaali hõive, mis mahub täielikult ajakirjesse