EPROM-mälude programmeerimiseks kasutatakse spetsiaalset seadet - programmaatorit. Programmaator kirjutab andmeid mällu pingeimpulssidega, mille amplituud on suurem kui lugemiseks kasutavate impulsside amplituud, mistõttu lugemisimpulsid ei suuda hiljem muuta mällu kirjutatud andmeid. Kui programmeerimine on lõppenud, monteeritakse mälu oma kohale trükkplaadil. Ümberprogrammeerimiseks tuleb see jälle trükkplaadilt eemaldada ja panna programmaatorisse. Enne uute andmete salvestamist tuleb mälu sisu ultraviolettkiirguse abil kustutada ja selleks on korpusel kvartsklaasist aken. Nende mälude eluiga on mõnisada kirjutustsüklit ning välkmälud tõrjuvad neid turult välja