1998.a. tutvustas Sybase SQL Serverit mitmesugustele UNIX’i versioonidele. Samal aastal lõi Sybase IBM’i abiga SQL Serveri versiooni opsüsteemile OS/2, millele Microsoft ostis litsentsi ja andis nime Microsoft SQL Server. Hiljem portis Sybase selle NT’le ja NetWare’le ning Sybase ja Microsoft müüsid mitu aastat üht ja sama NT versiooni kumbki oma nime all.

Sybase’i ja Microsoft’i koostöö lõppes 1994.a. versiooniga 4 ning sealtpeale on mõlemad arendanud omi tooteid iseseisvalt. Microsoft SQL Server’ist sai Microsoft’ile Windows’i serveritarkvara lipulaev. 1997.a. sai Sybase’i versioonist Sybase Adaptive Server Enterprise (ASE) , mis kasutab teistsuguseid, spetsiifiliste rakenduste tarvis optimeeritud andmehoidlaid

Sageli kasutatakse Microsoft’i SQL Serveri kohta ebakorrektset terminit "SQL andmebaas", õigem oleks "SQL andmebaasihaldur". SQL on nimelt andmebaasipöörduseks kasutatav päringukeel, mille abil saab suhelda SQL Server’iks nimetatava andmebaasihalduriga